本案的最主要的争议点在于，原告将债权转为出资的行为是否合法有效。
根据公司法的有关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。因此，债权转股权实际上已经得到法律上的确认。
但需要注意的是，并不是所有的债权都能转为股权，公司法中确认的可转化的债权应是可以转让的债权。债权人对于按照合同性质或是当事人约定不得转让的债权及依照法律规定不得转让的债权则不得用来向公司出资或转化为股权。
另外，由于债权出资可能给公司带来一定的风险，债权出资必须遵循一定的程序。将对公司的债权转为公司股权的，需要作为债务人的公司与债权人对相关转让事项协商一致。
在本案中，原告欲将290万元的债权转化为股权，实际上违背了公司章程中“两股东的出资形式为现金”这一约定。因此，若要实现上述“债转股”，必须要对公司章程做出修改。根据公司章程的规定，修改公司章程
需代表三分之二以上表决权的股东表决通过。由于A公司仅有两个股东，且股权比例为49%与51%，任何一个股东都无法独自做出上述决定。被告作为持有公司51%股权的股东，并未同意原告将其对公司的部分债权290万元转为出资，故原告的擅自调账，亦未办理工商变更登记手续的行为在程序上违反了公司章程及公司法的规定，应属无效。
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